Os órganos reitores do INTECMAR son:

    A) A/O presidenta/e do Consello de Administración, que é, en razón do seu cargo, a/o Conselleira/o competente en materia de pesca, marisqueo e acuicultura, desempeñando a representación do instituto.

    B) O Consello de Administración, que é o órgano superior colexiado de goberno e está constituido pola/o presidenta/e do instituto, que preside o Consello; un vicepresidente/a que será a/o Director/a do instituto; catro vogais, designados pola Consellería do Mar, de entre o persoal funcionario ou laboral fixo ó servicio da Administración Autonómica; un vogal que ten a condición de representante dos traballadores do Instituto; e un secretario/a nomeado pola Consellería do Mar, con voz pero sen voto.

    C) A/O director/a, que é nomeado polo Consello da Xunta de Galicia a proposta da/o Conselleira/o competente en materia de pesca, marisqueo e acuicultura, e a quen corresponde a dirección e xestión do INTECMAR.

   As funcións dos órganos reitores do INTECMAR están estabrecidas na Lei 3/2004 de 7 xuño, de creación do Instituto Tecnolóxico para o Control do Medio Mariño de Galicia, e máis no Decreto 41/2005, do 17 de febreiro, de regulamento do Instituto Tecnolóxico para o Control do Medio Mariño de Galicia.