A mesma rede de puntos de mostraxe disposta para a determinación das condicións oceanográficas -43 estacións oceánicas e 16 costeiras- emprégase para o control do fitoplancto -tóxico e non tóxico- e máis dos pigmentos fotosintéticos.
O reconto da comunidade fitoplanctónica, efectúase mediante microscopio, sobre mostras integradas recollidas entre 0 e 5 metros, 5 e 10 metros e 10 e 15 metros.
Cada vez que hai resultados do reconto, emítese un "informe preliminar dos recontos fitoplanctónicos de especies tóxicas", onde se consignan as estacións nas que se fixo a mostraxe; o número de células por litro de auga, das principais especies de microalgas con presenza en Galicia; e os oportunos comentarios sobre as novidades detectadas, respecto da semana anterior.
Os recontos de fitoplancto e as determinacións dos pigmentos fotosintéticos consígnanse nun informe semanal no que tamén se incluen os valores das condicións oceanográficas medidas mediante sondas multiparamétricas.