O principal cometido do INTECMAR é dar cumprimento á lixislación vixente en materia de calidade da produción de moluscos e outros organismos mariños e contribuir a protexer e mellorar a calidade do medio mariño, polo que a súa actividade céntrase en facer o seguimento, o control e a investigación da calidade ambiental das augas costeiras de Galicia, especialmente no que se refire ás condicións oceanográficas, fitoplacto, biotoxinas mariñas, contaminación química -metais pesados, compostos organoclorados e hidrocarburos- microbioloxía e patoloxía.
Para levar adiante este labor, o INTECMAR desenvolve iniciativas no campo da loita contra a contaminación mariña accidental e da oceanografía operacional, e ten implantado un completo sistema de control , caracterizado por estar deseñado e ter capacidade para poder actuar sobre unidades de produción de reducido tamaño; por manter unha frecuencia de mostraxe moi intensa; por cubrir tódalas zonas de produción da costa galega; e por controlar tódolos grupos de especies sometidos a explotación comercial do marisqueo e da acuicultura.
Co seu labor, o INTECMAR pretende:
A) O cumprimento estrito da lexislación vixente -europea, estatal e autonómica- no que a control e calidade das zonas de producción se refire.
B) O coñecemento completo das características do medio para:
Asegurar unha calidade suficiente para a explotación dos recursos.
Controlar as posibles fontes de alteración ambiental que poidan perxudicar a calidade das augas.
C) A potenciación de novas estratexias de explotación e comercialización dos recursos para:
Minimizar as perdas económicas derivadas dos procesos tóxicos naturais.
Minimizar as consecuencias provocadas por unha perda de calidade das augas.
D) Asegurar a óptima calidade e total garantía sanitaria dos recursos mariños sometidos a explotación para:
Salvagardar a saude pública.
Acadar altas cotas de competitividade nos mercados nacionais e internacionais.