Na Unidade de Mostraxe e Ecofisioloxía realizase a planificación conxunta de todo o sistema de mostraxe. Disponse dun equipo de mostrexadores que se ocupan da recollida de mostras, tanto de auga, como de moluscos, en tódalas estacións vinculadas ós cultivos en viveiros flotantes.
Para a toma de mostras de auga nas restantes estacións, cóntase coa colaboración do Instituto Español de Oceanografía (IEO), que mediante un convenio de cooperación asinado ó efecto, comparte a embarcación dende a que se realiza a toma de mostras, con mangueiras oceanográficas e sondas multiparamétricas.
En canto á recollida de mostras de mexillón de rocha e molusco infaunais e epifaunais, cóntase co apoio dos bíólogos de zona das distintas delegacións territoriais da Consellería do Mar, e máis coas asistencias técnicas que prestan os seus servizos no ámbito das confrarías de pescadores, ó longo de todo o litoral galego.
Todo o labor de toma de mostras implica a optimización dos medios, tanto persoais como materiais, a xestión da valoración e priorización das solicitudes de mostras, a súa adecuada recepción, custodia, conservación e validación informática.