O INTECMAR dispón de dúas unidades básicamente dedicadas á loita contra a contamicación mariña accidental. A Unidade de Modelado Oceanográfico utiliza os coñecementos en modelización numérica, en oceanografía e meteoroloxía, co obxecto de proporcionar respostas a situacións de emerxencias no mar -tales como vertidos ou seguimento de obxectos á deriva- e para diagnosticar e predecir a dinámica do sistema mariño e as súas consecuencias na calidade das augas.
Pola súa parte, a Unidade de Documentación e Apoio Científico, recompila toda clase de información técnica, científica e operacional, elaborando e mantendo Bases de Datos ó respecto. Colabora estreitamente coa Unidade de Modelado Oceanográficoe participa no desenvolvemento de proxectos relacionados coa observación oceanográfica e a loita contra a contaminación mariña.
Estas dúas unidades están incluidas no Plan Territorial de Continxencias por Contaminación Mariña de Galicia, sendo os dous seus principais obxectivos facer un seguimento das manchas de contaminación que se poideran dar nunha emerxencia, e cartografiar a situación da posible crise. Co fin de poñer toda esta información a disposición dos axentes decisores dun xeito rápido e accesible, as dúas unidades xunto coa Unidade de Integración de Equipos Analíticos e Apoio aos Laboratorios desenvolveron un visor web.
Ademáis, co obxectivo de obter a documentación e os datos oceanográficos máis actualizados posible, que no momento preciso sexan útiles para a descrición do estado do mar, e facer unha boa predicción das derivas da contaminación, estas dúas unidades, xunto con outras institucións, están involucradas no desenvolvemento dunha rede de estacións océano-meteorolóxicas, que proporcionan datos en tempo real. A distribución rápida e fiable destes datos, xunto coas prediccións feitas polos modelos, constitúen o núcleo da chamada Oceanografía Operacional.