O control microbiolóxico ten como obxectivo principal asegurar a calidade das zonas de produción de moluscos e outros invertebrados mariños, de maneira que se poida garantir a súa calidade de cara ao consumo humano.

   A rede de control microbiolóxico de Galicia abrangue todo o litoral e está integrada por 203 puntos de mostraxe, dos que 45 están situadas noutras tantas bateas de mexillón e os 158 restantes, repartidos ó longo de todo o litoral galego, empregando como bioindicador mexillón de rocha e moluscos infaunais (119) gasterópodos (28) e equinodermos (11), a teor das producións dos distintos bancos marisqueiros sometidos a control.

   A frecuencia da mostraxe é de semanal a bimestral segundo a situación de partida das zonas de que se trate, e os métodos de ensaio empregados na realización dos estudos microbiolóxicos son, a teor da lexislación vixente, o reconto de Escherichia coli, polo número máis probable (ISO 16649-3) e a investigación de Salmonella spp (minividas).

   Os estudos sobre a carga microbiolóxica das augas costeiras de Galicia, que realiza o INTECMAR, permite a clasificación das distintas zonas de produción en A, B ou C, segundo se establece na lexislación europea.

   Anualmente, a Unidade de Microbioloxía fai arredor dás 2.200 análises.